文字化けの対策は、RunWeka.ini の31行目にある fileEncoding=Cp1252 を fileEncoding=Cp932 に変更すれば良いでしょう。
# placeholders ("#bla#" in command gets replaced with content of key "bla")
# Note: "#wekajar#" gets replaced by the launcher class, since that jar gets
# provided as parameter
maxheap=2048m
# The MDI GUI
#mainclass=weka.gui.Main
# The GUIChooser
mainclass=weka.gui.GUIChooser
# The file encoding; use "utf-8" instead of "Cp1252" to display UTF-8 characters in the
# GUI, e.g., the Explorer
fileEncoding=Cp932
という感じでしょうか。
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(追記)Windowsでは、fileEncoding=Shift-JISとしたほうが良かったのかも。
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