共分散構造分析[R編]ってないの？[第３章8]その1

「共分散構造分析［Amos編］－構造方程式モデリング－」の66頁、２次因子分析です。
モデルがやや複雑になってきたので、モデルファイルを別に作成します。
観測変数の誤差分散は specifyModel() が自動的に補完してくれるので、省略します。
用意したファイル company324.txt の中身は次のとおりです。
specifyModel() でファイルを読み込むときには、ファイルに空白行があっても無視されるし、
#でコメントアウトすることもできるみたい。

#２次因子
仲間関係 <- 仲間評価, NA, 1
身体外見 <- 仲間評価, p1, NA
身体能力 <- 仲間評価, p2, NA
#一次因子
V11 <- 仲間関係, NA, 1
V10 <- 仲間関係, r1, NA
V9<- 仲間関係, r2, NA
V8 <- 身体外見, NA, 1
V7 <- 身体外見, l1, NA
V6 <- 身体外見, l2, NA
V5 <- 身体外見, l3, NA
V4 <- 身体能力, NA, 1
V3 <- 身体能力, a1, NA
V2 <- 身体能力, a2, NA
V1 <- 身体能力, a3, NA

仲間関係 <-> 仲間関係, d3, NA
身体外見 <-> 身体外見, d2, NA
身体能力 <-> 身体能力, d1, NA
仲間評価 <-> 仲間評価, d0, 1

次のスクリプトで計算してもらいます。

company324.mdl <- specifyModel("model/company324.txt")
summary(company324.sem <- sem(company324.mdl, S=cor.company, N=100))
stdCoef(company324.sem)

graphvizで絵を描いてみましょう。誤差分散も出力します。英語以外のフォントを使うときには、フォントの指定をします。

pathDiagram(company324.sem, edge.labels="values",standardize=TRUE,
            node.font=c("IPAGothic",12), edge.font=c("IPAMincho",10),
            rank.direction="TB", ignore.double=FALSE,
            same.rank=c("仲間関係,身体外見,身体能力"))

こんなの出たら、company324.dot に utf-8 のエンコードで保存します。

digraph "company324.sem" {
  rankdir=TB;
  size="8,8";
  node [fontname="IPAGothic" fontsize=12 shape=box];
  edge [fontname="IPAMincho" fontsize=10];
  center=1;
  {rank=same "仲間関係" "身体外見" "身体能力"}
  "仲間関係" [shape=ellipse]
  "身体外見" [shape=ellipse]
  "身体能力" [shape=ellipse]
  "仲間評価" [shape=ellipse]
  "仲間評価" -> "仲間関係" [label="0.97"];
  "仲間評価" -> "身体外見" [label="0.83"];
  "仲間評価" -> "身体能力" [label="0.6"];
  "仲間関係" -> "V11" [label="0.8"];
  "仲間関係" -> "V10" [label="0.81"];
  "仲間関係" -> "V9" [label="0.63"];
  "身体外見" -> "V8" [label="0.91"];
  "身体外見" -> "V7" [label="0.76"];
  "身体外見" -> "V6" [label="0.58"];
  "身体外見" -> "V5" [label="0.73"];
  "身体能力" -> "V4" [label="0.84"];
  "身体能力" -> "V3" [label="0.74"];
  "身体能力" -> "V2" [label="0.8"];
  "身体能力" -> "V1" [label="0.64"];
  "仲間関係" -> "仲間関係" [label="0.07" dir=both];
  "身体外見" -> "身体外見" [label="0.31" dir=both];
  "身体能力" -> "身体能力" [label="0.64" dir=both];
  "仲間評価" -> "仲間評価" [label="1" dir=both];
  "V11" -> "V11" [label="0.37" dir=both];
  "V10" -> "V10" [label="0.34" dir=both];
  "V9" -> "V9" [label="0.6" dir=both];
  "V8" -> "V8" [label="0.18" dir=both];
  "V7" -> "V7" [label="0.43" dir=both];
  "V6" -> "V6" [label="0.67" dir=both];
  "V5" -> "V5" [label="0.47" dir=both];
  "V4" -> "V4" [label="0.3" dir=both];
  "V3" -> "V3" [label="0.45" dir=both];
  "V2" -> "V2" [label="0.36" dir=both];
  "V1" -> "V1" [label="0.59" dir=both];
}

そして、コマンドプロンプトから以下を実行。

dot -Tpdf company324.pdf

サイズの小さいラスター画像は貧相ですが、pdfはうつくしーですね。